Ett statligt byggnadsminne är en plats med särskilt högt kulturhistoriskt värde. Stora delar av Bergianska trädgården är statligt byggnadsminne.

Detta var trädgårdsdirektörens, det vill säga den Bergianska trädgårdsmästarens bostad.

Grosshandlare Edvard Anderson (1865–1936) testamenterade sin förmögenhet till Bergianska stiftelsen vid Kungliga Vetenskapsakademien: "För inrättandet och drivandet av en vinterträdgård, där medelhavsklimatets och därmed jämförliga klimatområdens träd, buskar och örter äro uteslutande representerade".

När Bergianska trädgården flyttade till Frescati 1885 fanns redan en byggnad där Finnstugan står idag, och var en del av sommarnöjet Gustafsborg. Byggnaden användes ursprungligen som stall, men byggdes sedan om i flera omgångar till elevhem. Den äldsta delen idag är från 1925.

Gamla orangeriet uppfördes 1926 för att hålla tropiskt växtmaterial. Byggnaden fungerade som växthus ända tills 1994 då växterna flyttades till det nybyggda Edvard Andersons växthus. Under åren har Bergianska trädgården använt Gamla orangeriet för utställningsverksamhet, här har även funnits café. Numera hyr Kungl. Vetenskapsakademien ut byggnaden externt för restaurangverksamhet.

Grindstugan som är placerad alldeles invid tågspåren uppfördes 1887. Huset som också kallats portvaktstugan användes länge som bostadshus för Bergianska trädgårdens personal. Byggnaden ingår inte längre i Bergianska trädgårdens verksamhetsområde. Idag finns här en inredningsbutik.

Institutionsbyggnaden som uppfördes på 1930-talet rymmer kontorsplatser för Bergianska trädgårdens botanister, trädgårdspersonal och administratörer.

Paviljongen uppfördes 1901 för att visa upp märkliga föremål från naturen tillvaratagna i Bergianska trädgården eller från annat håll. Här visas de än idag, museiföremål i form av grenar, rötter och andra naturalier.

Professorsvillan uppfördes 1886 som bostad åt Professor Bergianus Veit Wittrock. Här rymde även herbarium och bibliotek. Huset används idag som privatbostad.

Det lilla pumphuset och vattentornet står som minnen efter den interna bevattningsanläggningen som sattes i bruk i Bergianska trädgården 1912.

På 1860-talet byggdes Stora Gustafsborg som blev sommarbostad åt greve Rutger Wachtmeister och hans fru. Till Gustafsbergsområdet hörde flera byggnader. Fram till 1894 var byggnaderna utarrenderade, men sedan kunde Bergianska trädgården börja använda dem i sin verksamhet. Idag huserar naturskolan Naturens Hus i Stora Gustafsborg.

Tornet uppfördes 1908, som utsiktstorn och museum/förvaringsplats för en del av Professor Wittrocks forskningsmaterial, t.ex. hans kottesamling.

Ända sedan år 1900 har Victoriahuset välvt sin glaskupol över en fantasieggande tropikvärld. Mitt i dammen flyter de makalöst stora och taggiga bladen av jättenäckrosor, släktet Victoria.