Bergianska trädgårdens ursprung är en donation till Kungl. Vetenskapsakademien av bröderna Peter Jonas och Bengt Bergius (den s.k. Bergianska stiftelsen, bildad 1791). Deras malmgård med tillhörande trädgård vid Karlbergsvägen i Stockholm skulle tjäna som trädgårdsskola och hortikulturell försöksanläggning. Där fanns en omfattande frukt-, bär- och köksväxtodling.

År 1885 flyttade trädgården ut till sitt nuvarande område vid Brunnsviken, där professor Veit Wittrock lät anlägga en botanisk trädgård efter vetenskapliga principer, främst med tanke på systematik och växtgeografi. Bergianska stiftelsen är i första hand en forskningsinstitution vid Kungl. Vetenskapsakademien men driver i dag också Edvard Andersons medelhavsväxthus.

Frilandsanläggningarna, Victoriahuset och de tropiska avdelningarna i Edvard Andersons växthus utgör numera Stockholms universitets del av den botaniska trädgården.  Stora delar av trädgården är statligt byggnadsminne och förvaltas av Statens fastighetsverk.