Bergianska stiftelsen inrättades genom bröderna Bengt och Peter Jonas Bergius testamente som trädde i kraft 1791. Syftet var att förvalta brödernas trädgård, driva trädgårdsskola och att inrätta en professur, professor Bergianus. Stiftelsen är sedan 1885 belägen i Bergianska trädgården i Frescati vid Brunnsviken. Tidigare innefattades, såväl den vetenskapliga som den kommersiella delen i Bergianska stiftelsen, men idag utgör den i huvudsak en forskningsinstitution för ”naturalhistoria, särskilt botanik” som testamentet formulerar ämnet. Den ansvarar dock för Edvard Andersons växthus, invigt 1995, och samverkar nära med Stockholms universitets del av Bergianska trädgården.

Sedan hösten 2004 bedrivs forskningen till övervägande del i nära samarbete med universitetet. Professor Bergianus är föreståndare för både akademiens och Stockholms universitets delar av den Bergianska verksamheten.